Quando D. António Barbosa Leão chegou a esta nova diocese (1908), verificou que existiam várias ilhas republicanas disseminadas sobretudo no Litoral e no Barrocal. Os pequenos grupos eram activos e manifestavam-se publicamente. Alguma imprensa regional estava dominada por estes grupos republicanos e acusava a Igreja de estar aliada à monarquia. Os conflitos com a Igreja avolumavam-se e os distúrbios eram frequentes, de modo particular nos enterros de alguns republicanos mais exaltados, declaradamente inimigos públicos da Igreja, e que não tinham a presença do prior no funeral, e nas procissões. Na Quaresma de 1911, em Faro, a Procissão dos Passos teve dois sermões, o do Pretório e o do Calvário, como era tradição. A procissão percorreu as principais ruas da cidade mas um homem colocou-se debaixo de um andor. A polícia interveio, mas continuou a acompanhar o andor com o chapéu na cabeça. Os ânimos exaltaram-se e o homem acabou por ser preso. Embora D. António Barbosa Leão fosse monárquico constitucionalista, manteve sempre o distanciamento na luta partidária e, por diversas vezes, ordenou aos sacerdotes para não se imiscuírem na política. A Igreja era rotulada na imprensa e pelos políticos como “jesuítica”, “inquisitorial”, “ultramontanista” e “miguelista”. A abertura do Seminário, no ano lectivo de 1910, foi perturbada com a revolução. O Relatório do Vice-Reitor não é nada encorajador. A perturbação do momento impediu desde logo que se desse princípio às aulas e D. António encerrou o Seminário durante um mês. A propaganda contra o clero intensificou-se, os vexames, os insultos e as ameaças eram constantes e nem todos aos alunos estavam dispostos a serem mártires. Por isso, alguns não compareceram em Novembro. Reentraram 23 e os outros ficaram em casa à espera de melhores dias. Entretanto, saiu a Lei de Separação e, no dia 10 de Agosto de 1911, a Comissão de Arrolamento dos Bens Eclesiásticos iniciou o arrolamento do Seminário. Permaneceu no edifício até ao dia 6 de Setembro, data em que um polícia, apresentando um ofício do presidente da Comissão Concelhia de Inventário, exigiu a entrega imediata das chaves. E a Diocese ficou sem Seminário. Recebeu um telegrama de Afonso Costa (3.03.1911) a proibir a leitura da Pastoral Colectiva:

Bispo de Faro Cumpro o dever de communicar a V. Ex.ª que o Conselho de Ministros sem prejuizo doutras providências, resolveui negar o beneplácito à Pastoral Collectiva datada de 24 de Dezembro de 1910, e recentemente distribuída sem authorização do poder civil por vários parochos do país, alguns dos quais estão já sob a alçada da lei penal por terem lido nas egrejas e persistirem ainda em continuar a ler a alludida pastoral. Espero que V. Ex.ª acusará a recepção d’este telegramma e me dirá o que tenciona recommendar aos parochos em presença da communicação que nelle lhe faço. O Ministro da Justiça Afonso Costa.

Mas o Bispo não se calou. Em nome da separação da Igreja e Estado, este não tinha qualquer autoridade para impedir a leitura da Pastoral, um documento interno da Igreja. Mas pagou amargamente a sua frontalidade. Foi obrigado a exilar-se em nome da I República.