A CEP escolheu ainda os novos presidentes para as restantes 8 comissões episcopais para o novo triénio de 2005 a 2008. Recorde-se que em Março deste ano, aquele organismo procedeu a uma reformulação nas comissões episcopais, que de 13 passaram para 9. Para além da Comissão Episcopal das Missões a lista dos restantes novos presidentes escolhidos é a seguinte: Cultura, Bens Culturais e Comunicações Sociais – D. Manuel Clemente, Bispo Auxiliar de Lisboa; Doutrina da Fé e Ecumenismo – D. António Marto, Bispo de Viseu; Educação Cristã – D. Tomaz Silva Nunes, Bispo Auxiliar de Lisboa; Laicado e Família – D. António Carrilho, Bispo Auxiliar do Porto; Liturgia: D. António Bessa Taipa, Bispo Auxiliar do Porto; Mobilidade Humana – D. António Vitalino, Bispo de Beja; Pastoral Social – D. José Alves, Bispo de Portalegre-Castelo Branco; Vocações e Ministérios – D. António Francisco dos Santos, Bispo Auxiliar de Braga. A CEP elegeu ainda uma série de delegados: Delegado à Comissão dos Episcopados da Comunidade Europeia (COMECE) – D. Amândio Tomás, Bispo Auxiliar de Évora; Delegado ao Conselho das Conferências Episcopais Europeias (CCEE): D. Jorge Ortiga, presidente da CEP; Delegado para as relações Bispos/Vida Consagrada – D. Gilberto Canavarro Reis, Bispo de Setúbal; Delegado ao Conselho Superior da Univerisdade Católica Portuguesa – D. Jorge Ortiga, presidente da CEP. A CEP elegeu também como presidente, D. Jorge Ortiga, Arcebispo de Braga, como vice-presidente, D. António Montes, Bispo de Bragança–Miranda, e como secretário, D. Carlos Azevedo, Bispo auxiliar de Lisboa. Para além destes elementos, o Conselho Permanente é composto por D. José Policarpo, Patriarca de Lisboa (por inerência) e três vogais: D. Albino Cleto, Bispo de Coimbra; D. António Marto, Bispo de Viseu; e D. José Alves, Bispo de Portalegre–Castelo Branco.