Frequentou a instituição durante 5 anos e seguiu para o Seminário de Almada para frequentar o 6º ano, que era o primeiro de Filosofia. Os restantes dois anos de Filosofia e mais os 4 de Teologia já foram completados no Seminário dos Olivais, em Lisboa. Foi ordenado na Basílica de Fátima por D. Francisco Rendeiro, então Bispo do Algarve, em 14 de Julho de1957, tendo sido enviado pelo então Bispo diocesano para Roma, para se licenciar em Direito Canónico, na Universidade Gregoriana, que frequentou durante dois anos. De regresso ao Algarve foi nomeado em 1959 vice-reitor do Seminário algarvio, função que desempenhou durante 6 anos. Cedo manifestou ao Bispo do Algarve da altura a sua vontade de ingressar na vida militar como capelão. O Prelado, simultaneamente com as funções no Seminário de Faro, queria nomeá-lo capelão do Centro de Instrução de Sargentos Milicianos de Infantaria, no Quartel de Tavira, mas a sua vontade era seguir para África. Ao fim de 6 anos, aquando da sua nomeação para Bispo de Coimbra, D. Francisco Rendeiro acabou por lhe fazer a vontade e deixou-o seguir para a Guiné como capelão militar, onde esteve 2 anos, de 1965 a 1967. Regressado a Portugal, era capelão-mor das Forças Armadas o Bispo D. António do Rego Rodrigues que o convidou a passar ao quadro, como capelão titular, mas enquanto isso não aconteceu esteve na Amadora. Já capelão titular veio para Tavira, prestando também assistência religiosa em Faro e em Lagos, no Centro de Instrução de Condutores Auto. Em Dezembro de 1969 foi para Angola como tenente capelão colocado num batalhão de tropa nativa e o mesmo tempo como capelão do comando de agrupamento. Ali permaneceu durante dois anos, até 1972, tendo enfrentado toda a fase da guerra das antigas colónias. Apesar disso, o cónego monsenhor Joaquim Cupertino testemunha que “foi mais duro” a missão na Guiné. “Estava num batalhão com três médicos e quando havia operações de mais de 15 dias, tinha de ir com um deles com a tropa para o mato”, justifica o sacerdote, considerando “óptima” a experiência de assistência aos militares na guerra. “Estive próximo dos homens que combatiam, ficavam feridos e morriam. O meu batalhão da Guiné teve 38 mortos, muitos dos quais, eu estava junto deles quando foram feridos. Outros, com ferimentos de minas, eram trazidos imediatamente para o posto médico e o capelão tinha de estar sempre com o médico. Para muitos deles era ajudá-los a morrer ao invés de estar num gabinete, numa cidade, enquanto os homens andavam a combater. O médico fazia o que podia e depois dizia: capelão, agora já não é comigo”, relata, lembrando que viviam em permanente perigo de vida. Regressado de África foi colocado na Academia Militar em Lisboa, como capelão, professor catedrático de Deontologia Militar e professor catedrático interino de Sociologia do Exército e da Força Aérea. Tendo vagado o lugar de capelão militar no Algarve, nos quartéis de Tavira, Faro e Lagos, pediu ao capelão chefe do Exército para vir para a sua região natal. Embora não fosse do seu agrado acabou por deixá-lo vir para o Algarve por causa da legislação. Foi colocado no regimento de Faro, mas dava igualmente assistência a Tavira e Lagos e também às capitanias da Marinha, desde Vila Real de Santo António à Estação Rádio Naval, em Sagres, tendo sido promovido a major. Entretanto houve em Fátima uma reunião anual de capelães e foi votado como adjunto do capelão-mor das Forças Armadas, por isso esteve apenas um ano no Algarve. Promovido então a tenente coronel, em 1983, ao fim de um ano e 3 meses como adjunto do capelão-mor foi nomeado, pelo então Bispo castrense, o patriarca D. António Ribeiro, capelão-mor das Forças Armadas que é simultaneamente o vigário geral da diocese castrense para as Forças Armadas e de Segurança. Foi então promovido a coronel e ficou à frente de dezenas de sacerdotes de todas as dioceses e de quase todas as congregações e ordens religiosas portuguesas. Dois anos antes de se reformar, no final de 1986, D. Ernesto Gonçalves Costa, na altura Bispo do Algarve, que acabara de restaurar o Seminário de Faro, nomeou-o Reitor do Seminário. No entanto, para não perder o direito à reforma, depois de ter servido durante tantos anos os homens que combatiam, acabou por desempenhar essas funções apenas ao fim-de-semana, quando vinha ao Algarve, tendo sugerido o padre César Chantre, para prefeito e ecónomo da instituição. Na altura, quando comunicou a D. António Ribeiro que se aproximava a idade da reforma e que tinha sido nomeado reitor do Seminário do Algarve, o saudoso patriarca de Lisboa percebendo a sua saída do patriarcado pediu ao Papa João Paulo II a sua nomeação de Prelado de Honra de sua santidade, passando a ter a designação de monsenhor. Ao cabo de um ano, D. Ernesto Costa, que era também presidente da Comissão Episcopal das Missões, preferiu nomear monsenhor Joaquim Cupertino como director nacional das Obras Missionárias Pontifícias, função que foi autorizado a desempenhar pelo então Chefe de Estado-maior das Forças Armadas, Soares Carneiro. Apesar de ser por 5 anos, acabou por estar 12 anos nas Obras Missionárias Pontifícias como director nacional. Em 1987, por provisão do Bispo diocesano, D. Ernesto Costa, foi nomeado cónego do Cabido da Sé Catedral de Faro. Em 1994 foi nomeado juiz do Tribunal diocesano do Algarve, por um período de 6 anos. Em 2000 foi nomeado juiz do Tribunal Patriarcal de Lisboa e do Tribunal interdiocesano de Évora, Beja e Algarve. De regresso ao Algarve, D. Manuel Madureira Dias, então Bispo do Algarve, nomeou-o, no final do mesmo ano, director diocesano das Obras Missionárias Pontifícias, assistente do Renovamento Carismático Católico e director diocesano do Apostolado de Oração. A propósito do seu trabalho nas Obras Missionárias Pontifícias garante ter feito o possível “por chamar a atenção da necessidade que há da Igreja portuguesa e de cada diocese de não se fechar sobre si mesma”. “Sempre tentei fazer com que nas dioceses portuguesas o clero se convencesse que o panorama missionário é o mundo inteiro e não a diocese apenas”, afirma, considerando que “quando olhamos apenas para as fronteiras da nossa diocese perdemos a catolicidade, a universalidade” e lembra que há povos “que nunca ouviram falar de Cristo, que adoram falsos deuses, que não sabem que estão redimidos pelo sangue de Cristo e que estão na ignorância religiosa”. Lembrando “todo o apoio, carinho, ajuda e colaboração” que teve das congregações, movimentos e ordens missionárias, considera que saiu dessa experiência “mais enriquecido e com uma maior panorâmica da Igreja”. Para assinalar as suas Bodas de Ouro sacerdotais, concelebrou em Lisboa, a convite de D. José Policarpo, numa Eucaristia que teve lugar na capela do Seminário dos Olivais, no passado dia 29 de Junho, com a presença dos sacerdotes do Patriarcado do seu, mais um padre de Aveiro e outro de Setúbal, também do mesmo ano. Seguiu-se após a celebração um almoço no Palácio Patriarcal na Quinta do Seminário dos Olivais. No Algarve vai ser celebrada sábado, dia 14, uma Eucaristia de acção de graças, pelas 18 horas, na paróquia de Nossa Senhora da Conceição (matriz de Portimão), onde colabora pastoralmente, seguida também de um jantar de homenagem.