Incidem as mesmas no completo restauro do interior daquele templo mandada construir no século XVI pelo fidalgo Diogo Gonçalves, como Igreja do Colégio dos Jesuítas de São Francisco de Xavier e esteve exclusivamente dedicada ao serviço religioso até ao início do século XX. Posteriormente ali veio a funcionar, o que se verificou durante muitas décadas, o Hospital Concelhio e a Capela Mortuária e actualmente uma das alas do imóvel é ocupada pelo Centro de Apoio a Idosos e pelo Museu Diogo Gonçalves e a outra pelo Corpo Nacional de Escutas (CNE) e pela Junta de Freguesia de Portimão, que em breve deixará estas instalações por passar a dispor de um edifício próprio em vias de construção. Na primeira fase dos trabalhos de recuperação da Igreja do Colégio foi contemplada a imponente fachada, comportando esta nova fase a incidir no corpo central do imóvel, designadamente rebocos, cantarias, pavimentos, imaginária, talhas e pinturas murais, incluindo a impermeabilização dos terraços adjacentes à cobertura da nave central, o reboco nas partes em que este se encontre degradado, pintura, tratamento e recuperação das cantarias, substituição de todos os pavimentos de madeira e tratamento e recuperação de talhas douradas, altares, frescos e estatuária. Também a sacristia será beneficiada com a remodelação da rede eléctrica e de telecomunicações e a pré-instalação de ar condicionado. Os trabalhos previstos têm como objectivo requalificar a igreja, que se situa na Alameda Nuno Mergulhão, em pleno centro de Portimão, para as actividades religiosas ou ligadas à pastoral e criar condições para que ali possam decorrer manifestações culturais (exposições, concertos, conferências, etc.).