Instalado numa tribuna junto ao coro alto, trata-se de um dos principais exemplares do barroco em Portugal. Apesar de se desconhecer o autor do risco e da feitura da talha (supõe-se do século XVII), sabe-se que a sua caixa é originária do segundo quartel do século XVIII. As pinturas de “chinoiserie”, fortemente inspiradas pelo Oriente e o douramento foram executados pelo mestre Francisco Correia da Silva nos anos de 1751 e 1752. Das diversas obras de renovação dos seus registos, destaca-se a efectuada pelo mestre italiano D. Pascoal Caetano Odoni a partir de 1767. No seu estudo sobre a Catedral e o seu Cabido, o historiador José António Pinheiro e Rosa refere na apresentação: «Apoiado no primeiro arco e na primeira coluna do lado do Evangelho da nave central, está o coreto do órgão(…). O órgão é um móvel aparatoso. Tem duas secções absolutamente independentes: o grande órgão, na parte superior, e o positivo na inferior. Tem 26 registos, dispostos dos dois lados dos teclados: 14 pertencem ao grande órgão, 10 ao positivo e os outros dois são a voz de rouxinol e o contrabaixo. A voz de rouxinol é produzida por um recipiente em que se deita água. O ar passando por essa água produz no único tubo deste registo um efeito que nós tiramos nas nossas gargantas ao gargarejar um líquido. A voz humana é um registo, que, principalmente em certas combinações dá ao som uma vibração especial que se destaca, dando a impressão de que qualquer pessoa está a cantar no meio dos outros sons(…). A benemérita Fundação Calouste Gulbenkian mandou-o restaurar numa casa especializada da Holanda, D. A. Flantrof, o­nde esteve quase dois anos (1972 a 1974)». O restauro presentemente em curso foi promovido pelo Cabido, com o apoio do IPPAR – Instituto Português do Património Arquitectónico, que comparticipará parte dos custos, cobrindo a Fábrica do Cabido a parte restante, como prevê o protocolo celebrado entre as duas entidades. Os trabalhos, orçamentados em cerca de 75 mil euros, abrangem duas áreas distintas – o instrumento propriamente dito e a caixa do órgão – e serão acompanhados por Maria José Moinhos, por parte do IPPAR e pelo cónego Gilberto Santos, por parte do Cabido da Catedral.