A primeira fase dos trabalhos consistiu em trabalhos de consolidação e reforço estrutural do edifício, bem como de todo o restauro exterior, conferindo-lhe um aspecto de dignidade. Na segunda fase serão realizadas as reparações dos pavimentos, paredes interiores, sistema de iluminação e instalações sanitárias, bem como a recuperação da talha dourada, prevendo-se a conclusão dos trabalhos do restauro da Igreja de Nossa Senhora do Carmo (igreja das Freiras) até final de 2008. Ainda neste concelho de Lagos decorrem as obras de restauro da igreja de Odeáxere, resultando a, de há muito necessária intervenção de um protocolo celebrado entre a Fábrica da Igreja Paroquial e a Junta de Freguesia de Odeáxere, com um contributo de 94 mil euros da Câmara Municipal. O projecto destas obras, que orçam em 140 mil euros, foi elaborado pelo Gabinete do Centro Histórico do Município e as obras consistem na recuperação exterior do templo, cobertura e tecto, enquanto que no interior estão a ser reparadas as paredes, o pavimento e colocada nova iluminação.