O seu padroado pertenceu em tempos idos à Ordem de Santiago e outrora ficava localizada fora dos limites urbanos («em local ermo e elevado»), situação que se inverteu com a contígua construção no século XVIII do palácio do Governador e Capitão — General do Algarve, e esteve na posse do Exército até 1936, cuja cessação de funções ditaram o seu estado de ruínas que se vieram a acentuar progressivamente até aos nossos dias. O projecto de restauro foi concebido num trabalho da Arq. Célia Anica, que incluía o espólio decorativo, composto de móveis e integrados, entre os quais os retábulos e alguma imaginária do século XVIII. As obras foram executadas pela Câmara Municipal de Tavira e, conforme refere Daniel Santana «a inauguração do templo culmina um trabalho interdisciplinar ao nível da conservação do património… desde a Arquitectura, passando pela Arqueologia e História de Arte até à Museologia e ao Restauro». Para além da sua função religiosa a restaurada Ermida de Santana tem sido o local do ciclo «Música nas Igrejas», organizado pela Câmara Municipal de Tavira, com concertos até ao dia 27 de Junho, referindo-se no dia 17 a actuação de Josué Nunes (viola dedilhada) e de Pedro Antunes (guitarra portuguesa) com obras dos compositores Carlos Paredes, Vitorino de Almeida e João Sebastião Bach e no dia 27 o pianista Luís Conceição e o violista Josué Nunes em trechos de F. Tárrega, F. Sor, Vila lobos e Vivaldi.