A deterioração provocada pelas infiltrações de água no telhado que a igreja teve em tempos contribuiu para a necessidade dos trabalhos agora em curso. A obra em curso terá um custo total de 489 mil e 600 euros, sendo a comparticipação comunitária no valor de 367 mil e 200 euros. Depois de recuperado o altar-mor, serão incluídos no presbitério um novo altar e um novo ambão, ambos de pedra, pretendendo a comunidade franciscana fazer coincidir a inauguração do renovado espaço litúrgico com o 50º aniversário da presença da Província Portuguesa da Ordem Franciscana no Algarve, a decorrer no próximo ano de 2007.